Het vwo (voorbereidend wetenschappelijk onderwijs) duurt zes jaar en leidt op voor een verdere studie aan universiteit en hogeschool. Het vwo bestaat op het Bonhoeffer College uit twee afdelingen: atheneum en gymnasium. In het derde jaar vwo wordt de leerling voorbereid op de keuze van “profielen” in de Tweede Fase. Onder een “profiel” verstaan we een samenhangend onderwijsprogramma dat de leerling voorbereidt op bij dat profiel passende vervolgstudies. Deze zijn dezelfde als op de havo, maar de programma’s zijn uitgebreider en vragen meer inzicht van de leerlingen. De vier profielen zijn:

1 Cultuur en Maatschappij
2 Economie en Maatschappij
3 Natuur en Gezondheid
4 Natuur en Techniek

Naast de gemeenschappelijke en de profielvakken kiest een leerling nog een extra examenvak in het vrije deel. Ook bestaat de mogelijkheid om in nog meer vakken examen te doen. Uiteraard worden leerlingen bij die keuze geadviseerd en begeleid door de mentor en de schooldecaan.

In het derde leerjaar vwo wordt u uitgenodigd voor een informatieve ouderavond, waarop u alle informatie over de keuzes krijgt. De profielkeuze in het derde jaar vwo wordt op de locaties Bruggertstraat en Van der Waalslaan op eigen wijze gerealiseerd in het vierde jaar. Informatie hierover vindt u in de Informatiegidsen van de locaties.

Het wezenlijke verschil tussen het gymnasium en het atheneum bestaat uit de extra vakken Grieks, Latijn en KCV (Klassieke Culturele Vorming).  Deze vakken hebben een grote algemeen vormende waarde. Daarbij komen Latijn en Grieks goed van pas bij studies zoals Talen, Rechten, Geschiedenis, Filosofie, Medicijnen en Theologie. Een volledige vwo-opleiding, inclusief gymnasium, is mogelijk op de locaties Bruggertstraat en Van der Waalslaan. Op de locatie Geessinkweg kunnen de eerste drie jaren van het vwo gevolgd worden. De locatie Bruggertstraat begint met het gymnasium in het eerste leerjaar en geeft een mogelijkheid ook in het tweede leerjaar in te stromen via een korte inhaalcursus. De locaties Van der Waalslaan en Geessinkweg beginnen met het gymnasium in het tweede leerjaar na een selectie in het eerste jaar.